De Shikoku als ras is afkomstig van twee hoofdlijnen, vernoemd naar de gebieden waar ze werden gevonden: Hongawa (soms beschreven als de Choshun-lijn, naar een van de mannelijke stamouders) en Hata. Er werden andere lijnen beschreven in de oorspronkelijke onderzoeksdocumenten van NIPPO, zoals honden uit de gebieden Awa, Aki en Uwajima, om er maar een paar te noemen. Omdat Shikoku eiland een geïsoleerd en bergachtig eiland was met zeer uitdagend terrein, was er weinig kruising tussen de verschillende gebieden, wat resulteerde in deze afzonderlijke lijnen met verschillende kenmerken.

Toen het aantal Shikoku's in de periode rond de Tweede Wereldoorlog afnam, waren de lijnen uit de minder bergachtige en daardoor beter toegankelijke gebieden, zoals de Awa- en Aki-lijnen, de eerste slachtoffers. Modernisering had geleid tot een snelle afname van het aantal wilde dieren, en daarmee de behoefte aan jachthonden. Het kleine aantal honden en de invloed van kruisingen met westerse honden leidden tot hun ondergang. Daarom zien we vandaag de dag vooral een mix van Hata- en Hongawa-invloeden in het ras.

De Hongawa lijn

Honden uit de Hongawa-lijn voldeden perfect aan de NIPPO-standaard voor middelgrote rassen. Ze waren lichtvoetig en, zoals de standaard het zegt: "... de beweging is licht en elastisch." Hun lichamen en benen hadden een goede lengte, met een bijzonder goede achterhoeking, wat honden opleverde met een grote veerkrachtige behendigheid en snelheid. Hun oren waren goed gespitst, hun ogen goed geplaatst met een goede pigmentatie. De borst was breed en diep, de buik was goed ingetrokken en de nek was sterk, maar iets langer dan bij de honden uit de Hata-lijn.

Het waren droge honden, je zou kunnen zeggen dun, met spieren die onder hun huid rimpelden als volbloeden. Hun gebreken waren dat ze een beetje dun gebouwd waren en er een beetje knap uitzagen, wat ze minder soboku-achtig deed lijken. Ze hadden een harde bovenvacht, maar misten de dichte ondervacht van de Hata-lijn. Sesamhonden waren de meerderheid, gevolgd door zwarte sesamhonden, samen met rode en witte honden. 

De Hata lijn

Vergeleken met de honden uit de Hongawa-lijn was de Hata-lijn zwaarder gebouwd, met dikke botten en een rijke ondervacht, maar ze waren iets kort van lichaam. Hun voorhand was meer ontwikkeld dan hun achterhand en ze hadden volle hoofden en kleine oren. Hun ogen misten echter de scherpte en pigmentatie van de Hongawa-honden. Ze hadden sterke nekken die korter waren dan die van de Hongawa-honden, brede borsten en licht ronde torso's. De meeste honden waren sesamkleurig, maar rode honden waren niet ondervertegenwoordigd. In tegenstelling tot de Hongawa-lijn waren er bijna geen zwart-bruine honden.

Er werd gezegd dat ze een "koninklijke aanwezigheid" hadden. Hun gebreken waren de aanwezigheid van overtollig vet onder hun huid en ze hadden de neiging om gemakkelijk aan te komen, wat zou leiden tot een gebrek aan correcte, lichte, elastische bewegingen. Maar vanwege hun grote aanwezigheid werden ze door nieuwkomers in het ras vaak verkozen boven de Hongawa-honden.

Evolutie van de Shikoku

Gedurende de eerste halve eeuw van het bestaan van het ras werden de Hata- en Hongawa-lijnen over het algemeen apart bewaard door fokkersgroepen, vaak met strikte regels over lidmaatschap en fokrichting. Dit begon allemaal te veranderen rond 1970, met de geboorte van honden zoals de beroemde Lyoshunryuu Go, die werd geboren uit een combinatie van de twee voorheen afzonderlijke lijnen. Dit opende de sluizen en vanaf dat moment ontwikkelde het ras zich vrij snel tot wat het vandaag de dag is: een mix van de twee lijnen, waarbij sommige honden qua type meer richting Hata of Hongawa neigden.

In de afgelopen decennia zijn bepaalde honden prominent aanwezig geweest in de ontwikkeling van het ras. Deze honden werden gefokt door fokkersgroepen onder leiding van mannen met een duidelijke visie op de Shikoku en wat zij als ideaal beschouwden. Deze groepen werden opgericht om een zeer gedetailleerde mondelinge en op ervaring gebaseerde definitie van de Shikoku-standaard te delen en door te geven. Veel van deze groepen functioneren nog steeds en hebben veel van de meest invloedrijke honden van de laatste tijd voortgebracht.